Fakulti Sains dan Teknologi Pertahanan terdiri daripada tiga jabatan iaitu Jabatan Sains Komputer, Jabatan Sains dan Teknologi Maritim dan Jabatan Sains Pertahanan. Selain itu, fakulti juga menubuhkan dua pusat pengajaran dan pembelajaran seperti berikut:
Fakulti juga akan menubuhkan pusat pengajaran dan pembelajaran baharu iaitu Pusat Sains Pertahanan.