Pusat Pengajian Siswazah (PPS) ditubuhkan pada bulan Mei 2008 untuk menguruskan pengajian pascasiswazah di UPNM. Tujuan penubuhan PPS adalah untuk mencapai kecemerlangan dalam pendidikan pascasiswazah dengan kerjasama daripada Fakulti dan Pusat Pengajian di UPNM. Penubuhan PPS adalah selaras dengan penubuhan UPNM sebagai institut pengajian tinggi dengan tujuan untuk menyediakan dan membangunkan pendidikan pascasiswazah dalam bidang pertahanan dan keselamatan.